RECONSTRUCT
PLANT BREEDING RESEARCH


Aufdecken des Beitrags der Bodenbiodiversität zu Wachstum und Fitness der Nutzpflanze Mais durch die Kombination von "omics"-basierter prädiktiver (in silico) Modellierung und Rekonstruktionsbiologie

Koordinator: Herr Prof. Dr. Marcel Bucher – (Universität zu Köln)

Projektbeschreibung

Der Ertrag der wichtigen Kulturpflanze Mais (Zea mays L.) wird durch die Interaktion mit einer erstaunlichen Vielzahl an Mikroorganismen entscheidend beeinflusst. Es zeigt sich ein direkter Zusammenhang zwischen Bodenart und Wurzelexsudaten und der Zusammensetzung und dem Artenreichtum des Bodenmikrobioms. RECONSTRUCT ist ein interdisziplinäres Projekt, das eine wissensbasierte Züchtung von neuen Maissorten anstrebt. Hierbei steht die Befähigung der Maispflanze zur Interaktion mit nutzbringenden Mikroben im Fokus, welche eine erhöhte Fitness und einen erhöhten Ertrag auf landwirtschfatlichen Böden, mit einem minimalen externen Düngereintrag zur Folge hat.

In Phase I des Projektes ist das vorrangige Ziel, die Erzeugung empirischer „omics“-Daten, um den Einfluss der Bodenfertilität und der mikrobiellen Konsortien auf die Produktivität der Maispflanze zu untersuchen. Die interdisziplinäre Arbeitsgemeinschaft wird den Einfluss langjähriger ökologischer und konventioneller Bodenbearbeitung auf die Bodeneigenschaften, mikrobiellen Gemeinschaften und den Einfluss auf das Wachstum von genetisch diversen Maislinien untersuchen. Die Projektpartner werden (1) Nährstoff-, Metabolit- und Wasser-Flüsse an der Boden-Pflanze-Grenzfläche, (2) die Biodiversität des Mikrobioms von Boden, Rhizosphäre und Wurzel sowie (3) die Produktivität der Maispflanze analysieren.

In Phase II des Projektes soll ein ganzheitliches Constraint-basiertes genomweites Modell entwickelt werden, bestehend aus (i) umfassenden Stoffwechsel-Modellen von Wurzel und Blatt der Maispflanze, (ii) einem Stoffwechsel-Modell der mikrobiellen Gemeinschaft, erstellt anhand der heterogenen Daten aus Phase I, und (iii) einem Modell der Interaktionen dieser Modelle mit dem Erdboden. Die Erstellung von synthetischen Böden und rekonstruierten Mikrobengemeinschaften wird es erlauben, die Feldsituation zu rekonstruieren und die iterativen Modelle anzuwenden. Dies wird zeigen, wie quantitative Pflanzenmerkmale, Wirt-Mikroflora-Interaktionen, genetische und metabolische Netzwerke, Ressourcenverteilung und die physikalisch-chemischen Eigenschaften des Erdbodens in einer einheitlichen Theorie vereint werden können.

Ein Hauptergebnis von RECONSTRUCT wird ein umfassendes mechanistisches Verständnis des Boden- Rhizosphäre-Mais-Systems in Interaktion mit seiner Mikroflora sein. Dies wird die Voraussetzungen dafür schaffen, sich das Wurzelmikrobiom zur positiven Beeinflussung des Maiswachstums zunutze zu machen. Der Aufbau und die Nutzung einer großen mikrobiellen Kultursammlung wird es möglich machen, synthetische mikrobielle Konsortien zu entwickeln und zu charakterisieren. Diese Konsortien bergen das außerordentliche Potential zur biotechnologischen Nutzung. Insbesondere die Züchtung von Maissorten im Hinblick auf ihre Befähigung mit nutzbringenden Bakterien zu interagieren, ist von großem Interesse. Diese Interaktion wird eine Steigerung der Gesundheit und Fitness der Pflanze zur Folge haben und vor allem, die Anspruchslosigkeit der Pflanze im Bezug auf externe Düngereinträge erhöhen.

Ein Projektporträt finden Sie hier: Ein optimales Mikrobiom - Das Projekt „RECONSTRUCT“


Unraveling the contribution of soil biodiversity to maize growth and fitness through combined omics-based in silico modeling and reconstruction biology (RECONSTRUCT)

Coordinator: Herr Prof. Dr. Marcel Bucher – (Institut)

Project description

The key crop model maize (Zea mays L.) thrives by interacting with an astounding number of microbes that affect maize growth and health. Soil type and root exudates regulate soil microbial community composition and diversity. The RECONSTRUCT project is an interdisciplinary effort that aims at the knowledge-based breeding of maize lines that can interact with functionally robust beneficial microbial assemblages (microbiomes), leading to high fitness and yield on agricultural soils with minimal external inputs.

In phase I of the project, the primary objective is the generation of empirical omics data to address the impact of soil fertility including microbial consortia on maize productivity. The interdisciplinary consortium will study the influence of long-term organic and conventional soil management on soil properties, microbial communities, how they affect growth of four genetically diverse maize lines and whether resource distribution in maize reflects microbiota diversity. The project partners will learn about (1) nutrient, metabolite and water fluxes at the soil-plant interface, (2) soil, rhizosphere and root microbial biodiversity, and (3) maize productivity.

In phase II, an integrated constraint-based genome-scale model will be developed, comprising: (i) large-scale metabolic models of maize root and leaf, (ii) a metabolic model of the microbial community, reconstructed from the heterogeneous data from phase I, and (iii) a model for interaction of these models with soil. The generation of synthetic soils and engineered microbial communities will allow reconstruction of the field situation and application of the iterative models. It will be shown how quantitative plant traits including host-microflora interactions, genetic and metabolic networks, resource distribution, and soil physicochemical properties can be merged into a common scaling theory.

 A major result of RECONSTRUCT will be a thorough mechanistic understanding of the soil-rhizosphere-maize system in interaction with its microbiota which will facilitate utilization of the root microbiome in support of maize growth regulation. Modeling and exploitation of large microbial culture collections will enable design and characterization of synthetic microbial consortia with sophisticated metabolic capabilities for biotechnology development and breeding of maize varieties adept in interacting with microbes that enhance maize functions and contribute to host health and fitness and frugality in use of external inputs.

Teilprojekte

031B0200A
Fördersumme: 1.265.014,00 €

Laufzeit 01.09.2016 – 29.02.2020


Herr Prof. Dr. Marcel Bucher

Universität zu Köln


E-Mail-Kontakt

Tel: +49 221 470-2481

Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät

Zülpicherstraße 47b

50674 Köln

Deutschland

031B0200B
Fördersumme: 304.222,00 €

Laufzeit 01.09.2016 – 31.08.2019


Herr Prof. Dr. Uwe Sonnewald

Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg


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Tel: +49 9131 85-28255

Schloßplatz 4

91054 Erlangen

Deutschland


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031B0200C
Fördersumme: 437.040,00 €

Laufzeit 01.09.2016 – 29.02.2020


Herr Prof. Dr. Paul Schulze-Lefert

Max-Planck-Institut für Pflanzenzüchtungsforschung


E-Mail-Kontakt

Tel: 0221 5062 350

Carl-von-Linné-Weg 10

50829 Köln

Deutschland


zur Website
031B0200D
Fördersumme: 138.642,00 €

Laufzeit 01.09.2016 – 29.02.2020


Herr Prof. Dr. Björn Usadel

Forschungszentrum Jülich GmbH


E-Mail-Kontakt

Tel: +49 2461 61-9503

Institut für Bio- und Geowissenschaften

Pflanzenwissenschaften

Wilhelm-Johnen-Straße

52428 Jülich

Deutschland


zur Website
031B0200E
Fördersumme: 418.862,00 €

Laufzeit 01.09.2016 – 29.02.2020


Herr Prof. Dr. Alisdair R. Fernie

Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie


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Tel: 0331 567 8211

Am Mühlenberg 1

14476 Potsdam

Deutschland


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