Die Assoziationskartierung, auch Association Mapping, ist eine Methode, um genetische und phänotypische Merkmale in einen Zusammenhang zu bringen.
 
Anders als bei der Kartierung von QTL wird eine natürliche Population betrachtet, deren Mitglieder sich in vielen quantitativen Merkmalen unterscheiden. In einer Hochdurchsatz-Sequenzierung wird die Häufigkeit von SNPs an jeder Stelle des Genoms bestimmt. Bestimmte Phänotypen lassen sich dann mit bestimmten SNPs assoziieren.

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