Unter Endomykorrhiza versteht man eine Form von Symbiose zwischen Pflanzen und Pilzen (Mykorrhizapilze), bei der die feinen unterirdischen Pilzfäden (Hyphen) in die pflanzlichen Zellen der Wurzeln eindringen, um dort Nährstoffe und Wasser im Gegenzug für Kohlenhydrate mit den Pflanzen auszutauschen.

Die Symbiose wird als mutualistisch bezeichnet, da beide Partner von dem Tauschhandel profitieren.

Das Gegenteil davon ist die Ektomykorrhiza, bei der die Pilze ein dichtes Hyphennetz um die Wurzelenden bilden (extrazellulär).

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