High Information Content Fingerprinting (HICF)

High Information Content Fingerprinting (HICF) ist der Name einer Methode zur Erstellung von physikalischen Genomkarten. Sie ist im Vergleich mit Whole Genome Profiling (WGP) langsamer und fehleranfällig, allerdings auch deutlich günstiger.

Erstellung einer BAC-Bibliothek

Zunächst muss die DNA, die analysiert werden soll, vervielfältigt werden. Das geht am besten mit BACs, künstlichen, ringförmigen Chromosomen aus dem Bakterium Eschericia coli. Diese Chromosomen sind sehr stabil und können eine große Menge fremde DNA aufnehmen.

Das Genom oder Chromosom  wird in kurze Abschnitte von ungefähr 150 bis 350 Kilobasenpaaren zerlegt. Diese werden dann in die BACs eingeschleust und vervielfältigt.

Verdau und Zusammensetzen der DNA

Anschließend werden die Abschnitte mit mehreren Restriktionsenzymen geschnitten und anschließend mit unterschiedlichen Fluoreszenzfarbstoffen markiert. Dann werden die Fragmente mit Hilfe von Gel-Elektrophorese der Länge nach aufgetrennt. Dieses Fragementlängenmuster ist wie ein Fingerabdruck des BAC-Klones. Vergleicht man die Muster mehrerer BAC-Klone, werden sich Übereinstimmungen finden. Diese Klone überlappen also. Klon für Klon lässt sich somit das Genom zusammensetzen. Das übernehmen Computerprogramme.