Die Interaktomik ist die Erforschung des Interaktoms, des Gesamtnetzwerks der molekularen Wechselwirkungen einer Zelle oder eines Organismus. Eine der Methoden der jungen Disziplin untersucht z. B. die Protein-Metaboliten Interaktionen. Hier wird ein einziges, bekanntes Protein oder ein bekanntes Stoffwechselprodukt zu den zu erforschenden Lösungen gegeben. Anhand der Verbindungen, die das Protein eingeht, werden die Zielsubstanzen ausgefällt (Affinity Chromatography).  

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