Introgressionslinien werden in der Pflanzenzüchtung eingesetzt. Es sind Kreuzungen von einer Zuchtsorte (auch „rekurrenter Elter“ genannt) mit einer „exotischen“ und meist leistungsschwächeren Sorte (auch „Donor“ genannt), beispielsweise einem wilden Verwandten, bei denen bestimmte Eigenschaften, d. h. vorteilhafte Gene oder Chromosomensegmente, des Donors auf die Kultursorte übertragen wurden. 

Die ersten Nachkommen der Kreuzung (F1-Generation) müssen jedoch mehrmals mit der Kultursorte gekreuzt werden – ein Vorgang, der Rückkreuzung genannt wird. Dies dient dazu, am Ende nur das beabsichtigte genetische Material einzuführen und keine weiteren, unerwünschten Gene oder Chromosomenabschnitte des Donors. Bei jeder Kreuzung wird das Kreuzungsprodukt weniger genetisches Material vom Donor und mehr von der Zuchtsorte enthalten, bis nur der gewünschte Abschnitt in der Linie enthalten ist.

Angewendet wird diese Form der gezielten Einkreuzung beispielsweise, um Resistenzgene von Wildpflanzen auf Kulturpflanzen zu übertragen. Das kann die genetische Diversität der Zuchtsorten erweitern und dabei helfen, angepasstere neue Sorten zu entwickeln.

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