Die Methylierung der DNA ist ein regulatorischer Prozess, welcher die Aktivität von Genen steuert.

Bei der DNA-Methylierung werden Methylgruppen durch Enzyme auf ausgewählte DNA-Basen übertragen. Die Methylierung ist somit keine genetische Mutation, sondern eine Modifikation der Erbsubtanz. Spezielle Enzyme, Methyltransferasen, versehen den DNA-Baustein Cytosin an bestimmten Stellen im Genom mit einer Methylgruppe (CH3), wodurch die Lesbarkeit des Gens eingeschränkt wird. Dieser Prozess ist reversibel (Demethylierung).  

Die Methylierung hat unterschiedliche biologische Funktionen. Sie dient der Markierung der zelleigenen Erbsubstanz, um diese von fremder DNA zu unterscheiden, im bakteriellen Genom. Bei anderen Organismen, z.B. Pflanzen oder Säugern, führt die Methylierung zu unterschiedlichen Aktivitätsmustern von Genen.

DNA-Methylierungsreaktionen zählen zu den epigenetischen Prozessen in einer Zelle (Epigenetik).

Auch RNA und Proteine können mit einem Methyl-Rest modifiziert werden.

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