Der Phänotyp ist die Summe aller Merkmale eines Organismus. Er schließt alle inneren und äußeren Strukturen und Funktionen ein. Im Laufe der individuellen Entwicklung kann sich der Phänotyp eines Organismus ändern.

Zwar sind die äußeren Merkmal eines Organismus durch seine genetischen Informationen festgelegt (Genotyp), der Phänotyp ist jedoch davon abhängig, welche Gene tatsächlich ausgeprägt werden (Expression) bzw. aktiv sind. So liegen in den sich geschlechtlich vermehrenden Organismen viele Gene in zwei Varianten – eine vom Vater, die andere von der Mutter – vor. Nur das dominante Gen wird umgesetzt.

Der Phänotyp von Pflanzen wird stark durch deren Wachstumsbedingungen beeinflusst. Umweltbedingungen wie Klima, Boden, Höhenlage verändern den Wuchs von Pflanzen und auch deren Ertragsfähigkeit. Größe und Gewicht können sich beispielsweise bei zwei Pflanzen gleichen Genotyps bei unterschiedlichen Temperaturen oder Wasserangebot deutlich unterscheiden.

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