Phänotypisierung beschreibt einen relativ jungen Forschungszweig der Pflanzenforschung, bei dem das Erscheinungsbild (Phänotyp) von Pflanzen quantitativ analysiert und vermessen wird. Forscher erfassen dabei beispielsweise die Architektur von Wurzeln oder die Anzahl der Blätter.

Um den Einfluss von Umweltfaktoren, Genaktivität oder auch der gesamten genetischen Ausstattung einer Pflanze auf deren Organe und Architektur zu erfassen, werden dabei sogenannte nicht-invasive Methoden eingesetzt. Highend-Techniken aus der Medizin wie die Positronen-Emissions-Tomographie (PET) oder die Magnetresonanztomographie Techniken erlauben einen detaillierten Blick ins „Innere“ der Pflanze, ohne sie zu zerstören.

Die detaillierten Analysen von Pflanzenorganen und der Pflanzenarchitektur sollen helfen, Gene und Genomdaten bestimmten Merkmalen richtig zuzuordnen. So können Wissenschaftler bereits am äußeren Erscheinungsbild junger Pflanzen erkennen, ob sie gewünschte Eigenschaften mitbringen oder entsprechende Nachkommen  hervorbringen werden. Dafür müssen hunderte von Pflänzchen überwacht und in kurzen Zeitfenstern analysiert werden.

Unterschiedliche Disziplinen aus der Pflanzenforschung, Bioinformatik und den Ingenieurwissenschaften arbeiten derzeit an der Entwicklung neuer Hochdurchsatzmethoden mit Robotern, die eine große Anzahl an Pflanzen schnell und fehlerfrei phänotypisieren können.

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