Phylogenie (oder Phylogenese) bezeichnet sowohl die Evolutionsgeschichte der Gesamtheit aller Lebewesen, als auch bestimmter Verwandtschaftsgruppen auf allen Ebenen der biologischen Systematik.

Der Begriff wird auch verwendet, um die Evolution einzelner Merkmale im Verlauf der Entwicklungsgeschichte zu charakterisieren. Der Gegenpol zur Phylogenese ist die Ontogenese, die Entwicklung der einzelnen Individuen einer Art.

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