Der Promotor (Starter) liegt vor dem abzulesenden Bereich des jeweiligen Gens (er gehört selbst nicht mehr dazu und wird auch nicht mit abgelesen). Es handelt sich um eine Nukleotidsequenz auf der DNA, die als Transkriptionsstartpunkt über Zeitpunkt und Häufigkeit der Genexpression entscheidet. Den meisten Genen ist ein Promotor vorgeschaltet, der sich in drei Teile aufteilt: Den Enhancer, den proximalen Promotor und den Kernpromotor (vom 5’-Ende an betrachtet).

Der Kern-Promotor beinhaltet meist die zur Transkription wesentliche TATA-Box. Sie stellt den entscheidenden Punkt dar, der notwendig ist, damit die Transkription überhaupt starten kann, denn hier binden die Transkriptionsfaktoren. TATA bezeichnet dabei die Basenabfolge Thymin - Adenin - Thymin - Adenin.

Der proximale Promotor liegt vor dem Kernpromotor und beinhaltet oft eine sogenannte GC-Box, die eine ähnliche Funktion wie die TATA-Box übernimmt, wenn diese fehlt.

Der Enhancer soll die Transkription der DNA verstärken (engl. to enhance), indem er zusätzliche Bindungsstellen des Transkriptionskomplexes an das Gen ermöglicht. Neben den Enhancern gibt es auch die Silencer, die das genaue Gegenteil bewirken. Enhancer und Silencer werden auch als cis-Elemente (lat. ’cis’ = ’auf derselben Seite wie’) bezeichnet.

Da Zeitpunkt und Häufigkeit die wichtigsten Aspekte bei der Regulation der Genaktivität sind, stellen Promotoren ein entscheidendes Werkzeug dar, um auf diese Einfluss zu nehmen. So kann die Expression entweder verstärkt (Gene enhancing) oder unterbunden (Gene silencing) werden. Promotoren sind dem von ihnen regulierten Gen stets vorgelagert (upstream), d.h. sie befinden sich auf der DNA-Sequenz stets vor diesem. 

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