Mit der Realtime-PCR (auch qPCR genannt; q = quantitativ) kann man während des ablaufenden Zyklus (daher der Name) in der Phase der Vervielfältigung messen, wie viele DNA-Stränge vorhanden sind. Das geschieht mittels Fluoreszenzmessungen, die Auskunft über die Menge der produzierten DNA geben.

Bei der Standard-PCR wird erst nach dem Ablauf der PCR über die sogenannte Gel-Elektrophorese die Menge und auch die Größe der replizierten DNA festgestellt.

Mögliche Anwendung: Die Realtime-PCR erlaubt eine effiziente und genaue Bestimmung der Resistenzausprägung nach dem Befall mit einem Schadorganismus. Feinste Unterschiede in der Resistenzreaktion lassen sich mittels Realtime-PCR bestimmen.

Die Realtime-PCR ist nicht mit der RT-PCR zu verwechseln. Es gibt allerdings Protokolle, die die RT-PCR mit der Realtime-PCR kombinieren.

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