Whole Genome Profiling (WGP)

Whole Genome Profiling (WGP) ist der Name einer Methode zur Erstellung von physikalischen Genomkarten. Sie ist im Vergleich mit High Information Content Fingerprinting (HICF) schneller und robuster.

Erstellung einer BAC-Bibliothek

Zunächst muss die DNA, die analysiert werden soll, vervielfältigt werden. Das geht am besten mit BACs, künstlichen, ringförmigen Chromosomen aus dem Bakterium Eschericia Coli. Diese Chromosomen sind sehr stabil und können eine große Menge fremde DNA aufnehmen.

Das Genom oder Chromosom  wird in kurze Abschnitte von ungefähr 150 bis 350 Kilobasenpaaren zerlegt. Diese werden in die BACs eingeschleust und dann vervielfältigt.

Verdau und Zusammensetzen der DNA

Anschließend werden die Abschnitte aus den einzelnen BACs mit einem Restriktionsenzym verdaut, also an ganz bestimmten Sequenzen geschnitten. An die Enden dieser Bruchstücke werden Primer angefügt. Diese dienen als Startpunkt für die Sequenzierung. Von jedem Fragment werden auf beiden Seiten etwa 50 Nukleotide sequenziert. Durch Sequenzvergleiche können die Fragmente anschließend wieder in die richtige Reihenfolge gebracht werden.

Findet man die gleiche Sequenz bei verschiedenen BAC-Klonen, deutet das darauf hin, dass die DNA in diesen Klonen überlappt.  Computerprogramme helfen dabei, alle Klone in die richtige Reihenfolge zu bringen.