Reads

Ein Read ist der mit einer einzelnen Sequenzierreaktion ablesbare Bereich einer DNA.

Eine Herausforderung bei der DNA- bzw. Genomsequenzierung besteht darin, dass die DNA nicht komplett am Stück analysiert werden kann. Ein Primer (ein kurzes DNA-Fragment passend zu einer Ziel-Sequenz innerhalb der zu lesenden DNA) bindet an dieser DNA-Position und wird im Verlauf der Sequenzierreaktion anhand der Matrizen-DNA verlängert. Aufgrund des Verfahrens (beispielsweise bei der Kettenabbruchsynthese nach Sanger) entstehen unterschiedlich lange DNA-Fragmente, anhand deren Größe die Sequenz abgelesen werden kann. Die maximale Fragmentlänge ist bei diesem Verfahren aber limitiert. Ein „Read“ ist dann der DNA-Abschnitt, der mit einer einzelnen Sequenzierreaktion abgelesen werden kann. Je nach Verfahren beträgt die Länge eines Reads zwischen 20 bis maximal 1 000 Basenpaare.

Nach Erhalt dieser Sequenz wird dann ein weiterer passender Primer (mit einer Sequenz im Bereich des Endes der vorigen Sequenzierreaktion) hergestellt und eine erneute Sequenzierreaktion gestartet. Auf diese Weise wird nach und nach die gesamte zu analysierende DNA bzw. das gesamte Genom eines Organismus gelesen. Diese Methode heißt daher auch „Primer Walking“ oder bei einzelnen Chromosomen „Chromosome Walking“.