ARAMEMNON
GABI FUTURE


Eine Datenbank pflanzlicher Membranproteine

Koordinator: Herr Prof. Dr. Ulf-Ingo Flügge – ()

Projektbeschreibung

Der Stofftransport über Zellmembranen oder intrazelluläre Membranen (z.B. Plastiden, Mitochondrien und Vakuolen) hat eine zentrale Kontroll- und Regulationsfunktion für die Entwicklung der Pflanze. Membranproteine sind experimentell schwer zugänglich, allerdings lassen sich ausgehend von der Proteinsequenz wichtige Eigenschaften wie z.B. Anzahl und Lage der membrandurchspannenden Bereiche oder die Zuordnung zu bestimmten Membranen mit Hilfe von Computerprogrammen vorhersagen. Häufig liefern jedoch verschiedene Programme je nach gewähltem Ansatz unterschiedliche Vorhersagen. Dabei lässt sich nicht ohne Weiteres entscheiden, welche der verfügbaren Vorhersagen am ehesten zutrifft. Um dennoch eine bestmögliche Vorstellung von den Eigenschaften zu erhalten, lassen sich mehrere verschiedene Vorhersagen für ein Protein sammeln und anschließend miteinander und mit den Vorhersagen verwandter Proteine vergleichen. Aber diese Methode ist in der Regel zu aufwändig für jemanden, der sich schnell ein Bild von einem Membranprotein machen möchte. Um diese Vergleiche für viele Membranproteine ohne großen Aufwand zu ermöglichen, wurde die Datenbank ARAMEMNON entwickelt.

Die Datenbank ARAMEMNON beschreibt Eigenschaften von Membranproteinen der Modellpflanze Ackerschmalwand (Arabidopsis thaliana) und Reis (Oryza sativa). Im Rahmen des laufenden Projektes wird die Datenbank ausgebaut und Membranproteine von Wein (Vitis vinifera) und weiteren Nutzpflanzen hinzugefügt. Zu den abrufbaren Informationen zählen eine kurze Beschreibung des Proteins, DNA-, cDNA- und Proteinsequenzen sowie jeweils mehr als ein Dutzend verschiedene Vorhersagen zur Lage der Membranspannen und zur möglichen subzellulären Lokalisation. Ergänzt werden die Angaben durch Literaturhinweise, die monatlich aktualisiert werden. Die Datensätze sind so miteinander verknüpft, dass sich Daten verwandter Membranproteine sowohl der gleichen Pflanzenart als auch anderer Pflanzen vergleichend anzeigen lassen. Zur Zeit enthält ARAMEMNON Daten von mehr als 21.000 Membranproteinen, über 630.000 Einzelvorhersagen zu topologischen Eigenschaften und mehr als 4000 Literaturhinweise. Es ist damit die umfangreichste Datenbank für pflanzliche Membranproteine, die öffentlich verfügbar ist.

Teilprojekte

0315039
Fördersumme: 241.361,00 €

Laufzeit 01.08.2007 – 31.07.2010