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Während die additive Varianz darauf beruht, dass jedes Allel unabhängig einen bestimmten Beitrag zum Merkmal leistet, berücksichtigt die Dominanzvarianz, dass sich die Wirkung der Allele gegenseitig beeinflussen kann.

Ein klassisches Beispiel: Wenn ein „starkes“ Allel die Wirkung eines „schwachen“ überdeckt, spricht man von dominanter Vererbung. In Kreuzungsversuchen zeigt sich das darin, dass Nachkommen derselben Eltern, aber mit unterschiedlichen Allelkombinationen, verschiedene Ausprägungen eines Merkmals zeigen – etwa beim Ertrag oder bei der Wuchshöhe.

In der Pflanzenzüchtung ist die Dominanzvarianz wichtig, um Heterosis-Effekte (Überlegenheit von Hybriden gegenüber den Elternlinien) zu verstehen und die Leistung von Kreuzungen besser vorherzusagen. Sie kann sowohl genetisch als auch durch epigenetische Faktoren beeinflusst werden, die die Aktivität von Genen steuern.

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