RNAcompete

RNAcompete ist ein experimentelles Verfahren zur systematischen Bestimmung der RNA-Bindungsspezifität von RNA-bindenden Proteinen (RBPs) unter kontrollierten Laborbedingungen (in vitro). Ziel der Methode ist es, herauszufinden, welche RNA-Motive – also kurze Nukleotidsequenzen – ein bestimmtes Protein bevorzugt erkennt und bindet.

Dazu wird das gereinigte Protein mit einem künstlich hergestellten RNA-Pool inkubiert, der eine große Vielfalt möglicher kurzer RNA-Sequenzen enthält. Nach dem Bindungsschritt werden die gebundenen RNA-Fragmente isoliert, aufgereinigt und mithilfe von Mikroarrays oder Hochdurchsatzsequenzierung analysiert. Auf diese Weise lässt sich ermitteln, welche Sequenzmuster besonders häufig vom untersuchten Protein erkannt wurden.

RNAcompete liefert so ein präzises Bindungsmotiv (oft als Sequenzlogo dargestellt), das angibt, wie die bevorzugte Zielsequenz des Proteins aussieht. Diese Information ist besonders nützlich, um potenzielle Bindestellen im Genom vorherzusagen und zu verstehen, wie RNA-Prozesse – etwa alternatives Splicing oder mRNA-Stabilität – reguliert werden. RNAcompete ergänzt in vivo-Verfahren wie iCLIP und erlaubt einen direkten Blick auf die intrinsische Bindungsspezifität eines Proteins, unabhängig von zellulären Wechselwirkungen.