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RCA GENOMICS

Internationales Referenz-Zentrum für Genomics und Diagnose von Viren mit kleiner zirkulärer DNA

Koordinator: Prof. Dr. Holger Jeske – Universität Stuttgart

Projektbeschreibung

Das Projekt entwickelt die Technik der "Rolling Circle Amplification" (RCA) für einen weltweiten Markt mit kostengünstige Alternativen zur PCR, Immunologie und zum Klonieren, um Viren mit kleiner zirkulärer DNA zu identifizieren und zu charakterisieren. Proben aus aller Welt, die sowohl aus dem Labor als auch aus dem Feld stammen können, werden auf sicheren Nachweis von Geminiviren und Nanoviren geprüft. Die Produkte der RCA werden mittels Restriktionsenzymen, um RFLPs zu entdecken, und direkter Sequenzierung bestimmt. Die RCA Technik liefert zudem eine gute Möglichkeit, das Reaktionsvolumen zu miniaturisieren, so dass ein "Lab-on-a-Chip"-Ansatz vielversprechend ist. Die erzielten Ergebnisse zur Genomik der Geminiviren und Nanoviren soll die Identifikation und Differenzierung der Genfunktionen der Viren mittels bioinformatischer Werkzeuge erlauben, insbesondere im Hinblick auf Gene, die für die Ausbreitung der Viren durch Pflanzen und Insekten, für die Auslösung von Wirtsreaktionen sowie die Anpassung an spezielle Wirte verantwortlich sind. Gesucht werden Elicitor-Domänen von viral Proteinen, methylierte Regionen auf der DNA, Silencing Suppressor Fähigkeiten sowie Dominant-negative Mutationen und defekte virale DNAs als mögliche Resistenzauslöser. Geminivirus-basierte Silencing-Vektoren sind konstruiert worden und werden zur genetischen Identifizierung von merkmalsauslösenden Zielgenen ohne den Aufwand von transgenen Pflanzen verwendet, was eine Herausforderung für wichtige Kulturplanzen ist. Die Verwendung dieser Vektoren in einer RCA Strategie erlaubt die zellfreie Konstruktion und die Prüfung der Zielgene, ohne einen Zwischenschritt der bakteriellen Klonierung. Die beschriebene Herangehensweise wird wertvolle neue Werkzeuge entwickeln und die Analyse beträchtlich beschleunigen, die für die Genomik der Pflanzen allgemein bedeutsam werden könnte.

Projektwebsite
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http://www.uni-stuttgart.de/bio/bioinst/molbio/

Eckdaten

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RCA GENOMICS

Projektlaufzeit

01.04.2007 - 31.03.2010

Fördersumme

Öffentlich: 592.068,00 €
Privat: 9.000,00 €
Gesamt: 601.068,00 €
Herr Prof. Dr. Eduardo R. Bejarano
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Universidad de Málaga
Facultad de Ciencias
Cellular Biology, Genetics and Physiology

Campus Universitario de Teatinos
29071 Málaga
Spanien
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Frau Dr. Ana Grande Pérez
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University of Málaga
Facultad de Ciencias

Campus deTeatinos
29071 Málaga
Spanien
Herr Dr. Bruno Gronenborn
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Centre national de la recherche scientifique (CNRS)
Institute of Biological Sciences (INSB)
Institut des Sciences du Végétal

Avenue de la Terrasse
91198 Gif-sur-Yvette cedex
Frankreich
Herr Prof. Dr. Holger Jeske
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Universität Stuttgart
Institut für Biomaterialien und biomolekulare Systeme
Botanischer Garten

Pfaffenwaldring 57
70550 Stuttgart
Deutschland
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Frau Dr. Susanne Ullmann
E-Mail-Kontakt
Nucleic Acid Preparartion Research QIAGEN GmbH

Qiagen Str. 1
40724 Hilden
Deutschland