Ein Centromer (oder Zentromer) ist die zentrale Verbindungsstelle der beiden Chromatiden eines Chromosoms. Je nachdem wo das Centromer sitzt, verändert sich das Aussehen des Chromosoms. Denn die Länge des kurzen und des langen Arms der Chromatiden wird durch die Position des Centromers bestimmt.

Das Centromer spielt bei der Zell- bzw. Zellkernteilung (Mitose) eine wichtige Rolle, da es als Andockstelle für Spindelfasern des Spindelapparats dient. Während der Anaphase der Mitose vollzieht sich die Teilung der beiden Chromatiden voneinander, da sie zu den beiden sich gebildeten Polen auseinandergezogen werden. Dabei lösen sie sich an der zentralen Verknüpfung (dem Centromer). So wird sichergestellt, dass sich die genetischen Informationen zu gleichen Teilen (je ein Chromatid) auf die Tochterzellen verteilen.

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