crRNA

Die pre-crRNA wird während der Bearbeitungsphase der CRISPR/Cas-Immunabwehr in crRNA (für CRISPR RNA) bearbeitet (die sogenannte post-transkriptionelle Modifikation). Sie besteht hauptsächlich aus einer „Spacer“-Sequenz, die komplementär zu einer bestimmten Target-DNA ist, aber auch aus einem Teil der Palindrom-Sequenz, die mit der tracrRNA (s. unten) paaren kann. Die „Spacer“-Sequenz, die komplementär zur Target-DNA ist, ist in der Regel 17-20 Nukleotide lang.

Die Bearbeitung ist je nach Typ von CRISPR/Cas-System unterschiedlich. Im Typ II erfolgt sie mithilfe der tracrRNA (für „trans-activating“ crRNA) sowie Cas9 und einem weiteren Protein (RNase III), das RNA-Moleküle schneiden kann. Nach der Bearbeitung entsteht das Molekülpaar crRNA:tracrRNA, das durch Basenpaarung zusammengehalten wird.

crRNA:tracrRNA kann sowohl an Cas9 als auch an der Target-DNA binden und ist somit in der Interferenzphase des CRISPR/Cas-Prozesses beteiligt.

Pre-crRNA und tracrRNA üben ihre Funktion aus, ohne als Protein translatiert zu werden und sind somit ein Beispiel von nicht-kodierenden RNAs.