Die „Operative Taxonomic Unit (OTU)“, zu Deutsch „operative taxonomische Einheit“ wird verwendet, um Gruppen von eng verwandten Individuen zu klassifizieren. Der Begriff wurde ursprünglich von Robert R. Sokal und Peter Sneath im Zusammenhang mit der numerischen Taxonomie eingeführt. 

Heutzutage werden „OTUs“ hauptsächlich zur Identifizierung und Einteilung von (nicht kultivierbaren oder unbekannten) Organismen genutzt, die sich nach DNA- oder RNA-Sequenzähnlichkeit eines bestimmten taxonomischen Markers orientiert. Daher sind OTUs pragmatische Stellvertreter für mikrobielle „Arten“ auf verschiedenen taxonomischen Ebenen, für die keine traditionellen Systeme zur biologischen Klassifizierung vorhanden sind. Mittlerweile sind OTUs die am häufigsten verwendete Einheit zur Messung der mikrobiellen Diversität, insbesondere durch Analyse von 16S- oder 18S-rRNA- Markersequenzdatensätzen.

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