Pulsed-Field-Gel-Elektrophorese (PFGE)

Die Pulsed-Field-Gel-Elektrophorese, kurz PFGE, ist eine Variante der Gel-Elektrophorese und wird benutzt um große DNA-Fragmente zu trennen. Dabei ist die Spannung nicht wie bei der herkömmlichen Elektrophorese senkrecht zum DNA-Gel festgelegt, sondern ein gewinkeltes Spannungsfeld ist angelegt, das zwischen zwei Winkeln „alterniert“ oder „pulsiert“. Das führt dazu, dass die DNA-Moleküle sich  kontinuierlich im Gel neu orientieren müssen, und somit langsamer durch das Gel wandern. Daher können auch lange DNA-Moleküle voneinander getrennt werden. Die Trennung dauert aber wesentlich länger (bis zu 6 Tagen oder länger), und das Gel muss auf konstanten Temperaturen (meistens 14 °C) gekühlt werden.

Die Methode eignet sich besonders gut um Chromosomen zu trennen und der Karyotyp zu bestimmen. Der Winkel sowie die Zeit zwischen muss experimentell festgelegt werden um eine optimale Trennung zu erreichen. Meist werden Winkel um die 120° und – je nach Spannung – Pulse zwischen 30 Sekunden und 30 Minuten gewählt. Als Faustregel gilt, dass je größer die DNA-Fragmente, desto niedriger die Spannung und länger die Pulse sowie die gesamte Laufzeit der Trennung sind.