Rhizobien oder auch Knöllchenbakterien sind weit verbreitete Bodenbakterien aus der Familie der Rhizobiaceae. Sie gehören zur Klasse der Alphaproteobacteria.

Sie gehen u.a. mit Hülsenfrüchtlern (Leguminosen) eine Symbiose ein: Die Pflanzen bilden an ihren Wurzeln Knöllchen aus, in denen sich Nährstoffe befinden und der für Rhizobien problematische Sauerstoffgehalt der Luft reduziert ist. Die Bakterien binden aus der Luft elementaren Stickstoff und reduzieren ihn zu Ammoniak (NH3) bzw. Ammonium (NH4+). Damit wird er biologisch verfügbar und „düngt“ die Pflanzen. Weltweit ist die Symbiose der Knöllchenbakterien das wichtigste System der Stickstofffixierung.

Knöllchenbakterien sind hauptsächlich in neutralen und basischen Böden zu finden. Die Kalkung von Böden erhöht daher ihre Anzahl. Sie kommen von der subarktischen über die gemäßigte bis zur tropischen Klimazone vor. Stämme in gemäßigten Klimazonen haben meist ein sehr begrenztes Wirtsspektrum, in tropischen Gebieten ist die Symbiose nicht so spezifisch.

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