Sequenzierung - HeliScope von Helicos Bioscience

Sequenzier-Methode

Das Heliscope-Sequenziergerät ist in der Lage, einzelne DNA-Moleküle zu sequenzieren. Es unterscheidet sich hauptsächlich dadurch von den bisher vorgestellten Sequenziermethoden, dass die DNA vor der Sequenzierung nicht amplifiziert wird.

An jeden DNA-Strang wird eine Poly-Adenosin-Sequenz gekoppelt, von der das letzte Adenosin mit einem Fluoreszenzfarbstoff markiert ist. Diese markierten DNA-Stränge bilden die Matrizen für die spätere Sequenzierreaktion. In der Flow-Cell hybridisieren diese mit den Poly-Thymin-Oligos, die auf der Oberfläche gebunden sind. Auf einem cm2 der Flow Cell können so bis zu 100 Mio DNA-Matrizen immobilisiert werden. Durch einen Laser und einer Kamera wird die Position jeder einzelnen fluoreszenzmarkierten Matrize genau bestimmt. Im Anschluss wird das die Fluoreszenzmarkierung der Matrizen entfernt und ausgespült.

Nun beginnt der eigentliche Sequenzierungsprozess durch die Zugabe einer DNA-Polymerase und einer Sorte (A, C, T oder G) fluoreszenzmarkierter Nukleotide. Alle Matrizen, bei denen das betreffende Nukleotid eingebaut wurde, werden nun wieder von Laser und Kamera erfasst. Im Anschluss wird der Fluoreszenzfarbstoff entfernt und ausgewaschen und der Prozess mit einer anderen fluoreszenzmarkierten Base wiederholt bis die gewünschte Leselänge erreicht ist. Dabei ist jede Matrize einzigartig und wird individuell sequenziert.