Als Syntenie bezeichnet man Gemeinsamkeiten in der Reihenfolge von Genen oder Gensegmenten auf verschiedenen chromosomalen Abschnitten beim Vergleich von Genomen verschiedener biologischer Arten (Spezies). 

Durch einen Vergleich der jeweiligen Basensequenzen der DNA wird der Grad der Syntenie als Maß für die genetische Verwandtschaft zweier Arten ermittelt.

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