Je nach Pflanzenklasse (Mono- oder Dikotyledonae) treten verschiedene Wurzelsysteme auf: Die meisten monokotylen Pflanzen (Einkeimblättrige) bilden ein Wurzelsystem, bei dem alle Wurzeln gleich stark ausgeprägt sind (homorrhiz). Die meisten dikotylen Pflanzen (Zweikeimblättrige) haben ein System aus Haupt- und Nebenwurzeln (allorhiz).

Allorhizie

Es werden eine oder mehrere Hauptwurzeln gebildet, von denen Neben- oder Seitenwurzeln abgehen. Die Hauptwurzeln bleiben auch später bestehen. Sie haben die primäre Aufgabe der Verankerung. Mit einer sogenannten Pfahlwurzel (einzelne, senkrecht nach unten gerichtete Hauptwurzeln) versuchen einige Pflanzenarten, an Grundwasser oder ein günstigeres Nährstoffangebot heranzukommen, wenn die Bodenverhältnisse in oberen Schichten ungünstig sind. Sie werden als Tiefwurzler bezeichnet, Beispiele für Pflanzen mit Pfahlwurzeln sind der Löwenzahn (Taraxacum officinale), die Buche (Fagus sylvatica) oder die Eiche (Quercus robur).

Andere Pflanzen bilden mehrere Hauptwurzeln aus, bleiben mit ihnen aber in der Nähe der Geländeoberfläche. Sie werden als Flachwurzler bezeichnet. Ihre Hauptwurzeln breiten sich horizontal und tellerförmig in den oberen Bodenschichten aus. Sie können so nasse Böden besiedeln (etwa am Ufer von Flüssen, Bsp. Weiden, Salix spec.) oder im Gebirge auf felsigem Untergrund wachsen (Bsp. Fichte, Picea abies). Weitere Beispiele sind Pappeln (Populus spec.) oder Sandbirken (Betula pendula). Einen Sonderfall bilden die Fichten: Sie bilden zusätzlich zu den horizontal orientierten Hauptwurzeln sogenannte Senker aus. Bei ungünstigen Bodenverhältnissen sterben diese jedoch ab, was zu einer erhöhten Anfälligkeit für Windwurf führt.

Homorrhizie

Hier kommen alle Wurzeln „gleichberechtigt“ direkt aus der Sprossachse (primäre Homorrhizie, Bsp. Farne) oder die Hauptwurzel stirbt nach einiger Zeit ab und übrig bleiben  gleichrangige Nebenwurzeln. Die Wurzeln bilden hier ein faseriges, dichtes Netz, das die Aufnahme von einsickerndem Regenwasser fördert und eine feste Verankerung der Pflanze im Boden gewährleistet. Beispiele sind die Hühnerhirse (Echinochloa crus-galli) oder der Mais (Zea mays).

Daneben unterscheidet man zwischen Grob- und Feinwurzeln. Grobwurzeln sind kräftig und stabil ausgebildet und oftmals verholzt. Sie definieren den Hauptwurzelraum der Pflanze und stabilisieren sie.

Feinwurzeln bilden ein dichtes, filigranes Geflecht im Boden. Durch ihre große Oberfläche eignen sie sich sehr gut, um Wasser, das in den feinen Bodenporen zirkuliert, mitsamt den darin gelösten Nährstoffen aufzunehmen. Sie haben auch eine wichtige Funktion, um die Bodenkrume zu halten und so vor Abtrag (Erosion) zu schützen. Feinwurzelsysteme können zusammen mit den Wurzelhaaren eine große Fläche einnehmen. Sie haben nur eine kurze Lebensdauer und reagieren sehr empfindlich auf Bodenversauerung und die damit einhergehende Schwermetallfracht.

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