Whole Genome Shotgun (WGS) Sequenzierungsmethode

Bei der Whole-Genome-Shutgun-Methode (dt. Schrotschussverfahren) wird die gesamte Genomsequenz in einer großen Zahl zufällig platzierter Reads sequenziert.

Zunächst wird das gesamte zu sequenzierende Genom in zufällige kleine Fragmente von definierter Größe zerstückelt, die dann entweder in ein Plasmid kloniert und anschließend mit der Sanger-Methode oder direkt mit einer Next-Generation-Sequenzierungs-Methode (NGS) sequenziert werden.

Dabei wird die Sequenz von zahlreichen Subklonen gelesen, sodass eine redundante Sequenz von hoher Abdeckung entsteht. Die Sequenzen werden dann mit bioinformatischen Methoden zu einer möglichst lückenfreien Konsensussequenz zusammengesetzt.

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