Ein Chromatophor ist eine Einstülpung der Zellmembran oder ein durch eine Membranhülle vollständig umschlossenes Zellkompartiment (Organelle), in dem Pigmente enthalten sind. Chromatophoren findet man in manchen Bakterienzellen (verschiedenen phototrophe Bakterienarten wie Purpurbakterien und Cyanobakterien) und vor allem in photosynthetisch aktiven pflanzlichen Zellen (Chloroplasten).

Die Membranen der Chromatophoren enthalten eingelagerte Photosynthesepigmente und die Komponenten des photosynthetischen Elektronentransports und der Photophosphorylierung. Sie sind entweder einfach nur bläschenartig ausgebildet, aber teilweise auch schon bei Bakterien und insbesondere in Pflanzenzellen als komplexe Membranstapel ausgebildet, um eine möglichst große Membranfläche für die Photosysnthesekomponenten bereitzustellen.

In Pflanzenzellen gibt es zahlreiche Abwandlungen der Chromatophoren: Grüne Chloroplasten und rötliche Chromoplasten wie Gerontoplasten (alte, degenerierte Plastiden ohne Chlorophyll) sowie Phaeoplasten der Braunalgen und die Rhodoplasten der Rotalgen.

Der Begriff Chromatophor bei Pflanzen ist ein überholter Begriff, der von Friedrich Schmitz 1883 geprägt wurde. Heute werden solche membranumschlossenen Zellstrukturen bei höheren Organismen als Plastiden bezeichnet. Bei Pflanzen sind sie das Ergebnis einer Endosymbiose mit photosynthetisch aktiven Bakterien vor ca. 1,5 Milliarden Jahren, aus denen sich die Chloroplasten entwickelten. Chloroplasten haben daher auch in den heutigen Pflanzen ein eigenes – wenn auch reduziertes – Genom.

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