Annotation des Genoms der Zuckerrübe unter Berücksichtigung von Genfunktionen und struktureller Variabilität für die Nutzung von Genomdaten in der Pflanzenbiotechnologie
Koordinator: Herr Prof. Dr. Bernd Weisshaar – (Universität Bielefeld )
Projektbeschreibung
Ziel des Projektes AnnoBeet ist die funktionelle und strukturelle Annotation der Genomsequenz der Zuckerrübe (Beta vulgaris) für deren Nutzung in der Pflanzenbiotechnologie. Es werden Rohdaten der Sequenz und deren automatische Annotation für Anwendungen in Züchtung und Pflanzenbiotechnologie aufbereitet, optimiert und in Datenbanken stukturiert zugänglich gemacht. Gensequenzen werden biologische Funktionen zugeordnet, und repetitive Sequenzen (ca 65% des Genoms) werden beschrieben. Die Resequenzierung von weiteren Genotypen und nahe verwandten Arten stellt die Basis für weitere SNP ("single/simple nucleotide polymorphism") Detektionen dar und ermöglicht damit die Entwicklung weiterer Züchtungsmarker. Die ReSeq-Daten dienen der Identifizierung von „presence/absence“ Variationen (PAV), die grosses Potential für die Züchtung haben. Direkte Genotypisierung über Sequenzierung wird für die Rübe implementiert; dies dient der Schliessung von Lücken bei der genetischen Zuordnung von Sequenzabschnitten und bei der Generierung von Pseudochromosomen-Sequenzen.
Enhancing the sugar beet genome sequence for research and biotechnological applications
Coordinator: Herr Prof. Dr. Bernd Weisshaar – (Institut)
Project description
The main goal of the AnnoBeet project is to prepare the sugar beet (Beta vulgaris) genome sequence and the corresponding raw data for exploitation in breeding and biotechnological application. At the start of the project, the sugar beet genome sequence will be available at very good draft quality. Now, this DNA sequence will be annotated with great depth regarding function. A substantial contribution will come from genome resequencing data of distant sugar beet genotypes, Beta maritima and related species like spinach to include annotation for structural variation in sugar beet. We will
(i) address genomic variation in sugar beet accessions at the sequence level,
(ii) annotate the gene space as a basis for funtional allele mining and SNP value determination (coding SNPs opposed to intergenic SNPs),
(iii) study domestication relevant genes to understand yield and yield stability,
(iv) analyse presence/absence and other structural variation with potential impact on heterosis, and
(v) describe and work towards understanding the role of repetitive sequences (in particular transposable elements) which make up a large part of the genome.
Teilprojekte
Laufzeit 01.10.2011 – 31.12.2015
Herr Prof. Dr. Bernd Weisshaar
Universität Bielefeld
Tel: +49 521 106-8720
Laufzeit 01.10.2011 – 31.12.2015
Herr Dr. Heinz Himmelbauer
Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie
Tel: +34 93 3160243
Laufzeit 01.10.2011 – 31.12.2015
Herr Prof. Dr. Thomas Schmidt
Technische Universität Dresden
Lehrstuhl für Zell- und Molekularbiologie der Pflanzen
Zellescher Weg 20 b
01069 Dresden
Deutschland
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