Die Chemoinformatik ist ein Forschungszweig, der die Chemie mit den Methoden der Informatik verbindet. Ziel ist die Berechnung von Moleküleigenschaften, durch die Verknüpfung der stetig wachsenden Datenmenge aus der Chemie mit mathematischen und elektronischen Methoden. Chemische Molekülstrukturen und deren Eigenschaften werden systematisch erfasst, registriert und gespeichert, aber auch variiert bzw. manipuliert. Durch die Chemoinformatik gelingt es, die chemischen Charakteristika großer Mengen von Molekülen relativ umfassend und zeitsparend zu untersuchen.

Ein Pendant der Chemoinformatik ist die Bioinformatik, die Kombination von Biologie, Mathematik und Informatik.

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