Ein Epitop ist eine bestimmte molekulare Struktur bzw. Abschnitt eines Antigens, gegen die das Immunsystem von Menschen und vielen Tieren im Verlauf einer adaptiven Immunantwort Antikörper oder T-Zell-Rezeptoren bildet.

Meist liegt ein Epitop auf der zugänglichen Oberfläche eines Antigens, an den dann ein Antikörper oder T-Zell-Rezeptor spezifisch bindet. Epitope sind in der Regel Abschnitte von Proteinen bzw. Proteiden. In seltenen Fällen können auch andere chemische Strukturen Antigene sein und damit Epitope beinhalten (z. B. DNA, Saccharide, Schwermetalle, Steroidhormone, Penicillin).

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