Als molekulare Uhr wird ein Verfahren aus der Genetik bezeichnet, das DNA-Sequenzierungen nutzt, um abzuschätzen, wann sich zwei Arten aus einem gemeinsamen Vorfahren aufgespalten haben. Die Grundlage bildet die Anzahl von Mutationen seit der Aufspaltung.

Die Methode ist mit Ungenauigkeiten behaftet, weil viele Faktoren die Mutationsrate beeinflussen und oft nur geschätzt werden können.

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