rRNA-Depletion

Die Methode der rRNA-Depletion ist ein wichtiger Schritt in der RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) und anderen molekularbiologischen Verfahren. Er zielt darauf ab, die Menge an ribosomaler RNA (rRNA) in einer RNA-Probe zu reduzieren. rRNA macht einen signifikanten Anteil der Gesamt-RNA in einer Zelle aus, oft bis zu 80% oder mehr (abhängig vom Zelltyp). Da die meisten RNA-Seq-Studien sich auf die Untersuchung von messenger RNA (mRNA) oder anderen nicht-ribosomalen RNAs konzentrieren, um die Genexpression zu analysieren, kann die hohe Präsenz von rRNA die Effizienz der Sequenzierung verringern und die Kosten erhöhen.

Methoden der rRNA-Depletion:

• Hybridisierungsbasierte Methoden: Diese Technik verwendet spezifische Oligonukleotide (kurze DNA- oder RNA-Stücke), die komplementär zu den Sequenzen der Ziel-rRNAs sind. Diese Oligonukleotide binden (hybridisieren) an die rRNA in der Probe. Anschließend können die rRNA-Oligonukleotid-Komplexe physisch entfernt werden, oft mithilfe magnetischer Perlen, die an die Oligonukleotide gebunden sind.
• Enzymatische Methoden: Diese Ansätze nutzen Enzyme, die spezifisch rRNA abbauen können, ohne andere RNA-Moleküle zu beeinträchtigen. Ein Beispiel hierfür ist der Einsatz von RNasen, die gezielt rRNA erkennen und spalten.

Die rRNA-Depletion ist in verschiedenen Forschungsbereichen von Bedeutung, insbesondere in der Genexpressionsanalyse, bei der Untersuchung der Funktion und Regulation von nicht-kodierenden RNAs, in der Krankheitsforschung und in der Entwicklung neuer therapeutischer Ansätze.