Segregation bezeichnet in der Genetik und Pflanzenzüchtung die Aufspaltung von Merkmalen oder Genen in den Nachkommen aufgrund der Verteilung von Allelen während der Meiose. Dieser Prozess führt dazu, dass die Nachkommen eines heterozygoten Organismus unterschiedliche Kombinationen der elterlichen Gene aufweisen können. Die Grundlage der Segregation liegt in den Mendelschen Vererbungsregeln, insbesondere im zweiten Gesetz, dem sogenannten Spaltungsgesetz. Dabei trennen sich die beiden Allele eines Gens während der Bildung der Keimzellen (Gameten), sodass jede Gamete nur ein Allel enthält. Bei der Befruchtung führen die zufällige Kombination der Gameten und die unabhängige Verteilung von Genen zu einer genetischen Vielfalt der Nachkommen.

In der Pflanzenzüchtung spielt die Segregation eine zentrale Rolle, da sie die Grundlage für die Erzeugung neuer Genotypen und die Selektion gewünschter Merkmale bildet. Durch Kreuzungen zwischen Pflanzen mit unterschiedlichen genetischen Merkmalen kann die Segregation genutzt werden, um Nachkommen mit verbesserten Eigenschaften, wie höherer Ertrag, Krankheitsresistenz oder Toleranz gegenüber Umweltstress, zu erzeugen. Die Auswertung der segregierenden Nachkommenschaft erfolgt oft durch phänotypische oder molekulare Analysen, um die Vererbungsmuster und die genetischen Grundlagen der Zielmerkmale zu verstehen und gezielt weiterzuentwickeln.

Die Segregation spielt auch eine entscheidende Rolle bei der Herstellung transgenfreier Pflanzen, insbesondere im Kontext von biotechnologischen Verfahren zur Pflanzenzüchtung. Wenn transgene Pflanzen, die ein eingefügtes Gen (Transgen) enthalten, mit nicht-transgenen Pflanzen gekreuzt werden oder wenn transgene Pflanzen sich selbst befruchten, kommt es zu einer Aufspaltung der Gene in der Nachkommenschaft. Dieser Prozess basiert auf der Trennung der Chromosomen und ihrer Allele während der Meiose.

In der Praxis wird dieser Mechanismus genutzt, um Pflanzen zu selektieren, die das Transgen nicht mehr enthalten, jedoch andere erwünschte genetische Eigenschaften beibehalten haben.  Beispielsweise wird bei der Entwicklung transgenfreier Pflanzen häufig eine erste Transformation durchgeführt, um gezielte Mutationen oder Merkmale in die Pflanze einzubringen. Danach werden diese Pflanzen mit nicht-transgenen Pflanzen gekreuzt. In der segregierenden Nachkommenschaft werden dann diejenigen Individuen identifiziert und ausgewählt, die das Transgen durch den Segregationsprozess nicht mehr tragen, aber weiterhin die gewünschten züchterischen Eigenschaften besitzen.

Durch molekulare Markeranalysen oder spezifische Nachweisverfahren wie PCR können transgenfreie Nachkommen effizient erkannt werden.

Die Segregation ermöglicht somit eine präzise Eliminierung des Transgens und gewährleistet, dass die erzeugten Pflanzen regulatorische Anforderungen erfüllen und als "transgenfrei" betrachtet werden können.

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