Thylakoide sind Membransysteme in den pflanzlichen Chloroplasten und in phototrophen Bakterien. Hier findet die Lichtreaktion der Photosynthese statt.

Sie entstehen als Einstülpungen der Cytoplasmamembran (bei Cyanobakterien) oder der Chloroplastenmembran (bei Pflanzen). Bei Pflanzen sind die Einstülpungen oft in dichten Lamellen-Stapeln organisiert (Grana, Granathylakoide).

In den Membranen der Granathylakoide befinden sich große Mengen von Pigmenten, die sogenannten Lichtsammelkomplexe. Dazu zählen das Photosystem I und Photosystem II sowie als Elektronenleiter Cytochrom-b6f-Komplexe und Ferredoxin. Weitere wichtige Komponenten sind die ATP-Synthase, Plastochinon, Plastocyanin und NADP+-Reduktase. Der Innenraum der Thylakoide (Lumen) enthält Carotin- und Phospholipid-Moleküle.

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