Bisulfit-Sequenzierung

Mit einer Bisulfit-Sequenzierung kann genau analysiert werden, welche CG-Dimere in einer bestimmten Zelle methyliert waren.

Durch Behandlung von DNA mit Natriumhydrogensulfit (alter Name Bisulfit) werden Cytidine (C) in Uracil (U) umgewandelt. Bei einer anschließenden Sequenzierung findet man daher an den Stellen, wo vorher ein C war, nun ein U/T. Da bisulfit-behandelte DNA sehr labil ist, wird daher das Gen, das man analysieren möchte, mittels PCR wieder amplifiziert. Bei der nachfolgenden Sequenzierung werden dann T bzw. TG (Thymin-Guanosin-Dimere) identifiziert, wo in der unbehandelten DNA Cytosin bzw. CG-Dimere existierten.

Für die epigenetische Analyse ist wichtig, dass nur nicht-methylierte C-Basen konvertiert werden, während meC in CG-Dimeren nicht in Thymin konvertiert werden.

Indem das zu analysierende, mit bisulfit-behandelte Genstück nach der PCR-Amplifikation kloniert wird und verschiedene Klone sequenziert werden, kann geprüft werden, ob ein bestimmtes CG-Dimer gar nicht, vollständig oder nur partiell methyliert war.

Die Methode erlaubt einen Überblick über den Methylierungsgrad der untersuchten DNA. Auch die Analyse des Methylierungszustandes von kompletten Genomen ist möglich. In diesem Fall spricht man von der Analyse des Methyloms. Unterschiede im epigenetischen Muster auch bei sonst genetisch identischen Individuen können durch die Bisulfit-Genomsequenzierung nachgewiesen werden. Diese können Reaktionen auf externe wie auch interne Einflussfaktoren sein. Diese Methylierungsmuster sind teilweise vererbbar, so dass Nachkommen vom „Erfahrungswissen“ der Elterngeneration profitieren.

Siehe hierzu auch: Methylierung, Epigentik.

Weiterlesen auf Wikipedia.
 

427 Bewertungen

Bewertung

8481 angesehen