Bei der Auslesezüchtung werden Samen aus Wildpflanzen ausgewählt, die vorteilhafte Eigenschaften, wie z.B. hohe Erträge oder Krankheitsresistenz, besitzen. Nur diese Samen werden für eine erneute Aussaat verwendet. Nach mehrfacher Wiederholung des Vorgangs und weiterer Auslese bleiben in Bezug auf das zu selektierende Merkmal fast reinerbige (homozygote) Pflanzen mit den gewünschten Eigenschaften übrig. Durch das Auftreten von zufälligen Mutationen können jedoch weiterhin in jeder neuen Generation neue gewünschte und unerwünschte Eigenschaften auftreten. 

Die Kombinationszüchtung beschreibt die Kreuzung von Pflanzen mit unterschiedlichen Eigenschaften (Genotyp). Die neue Generation von Pflanzen besitzt damit einen kombinierten Genotyp, eine zufällige Auswahl bzw. Kombination von Elterngenen. Aus den Einzelkreuzungen werden nur die Pflanzen ausgelesen, die möglichst viele gewünschte Eigenschaften besitzen (Selektion). So können erwünschte Merkmale verstärkt und unerwünschte vermieden werden.
Das klassische Beispiel für eine Auslese- und Kombinationszüchtung ist die Entstehung von Weizen aus dem Einkorn. 

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