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Meganukleasen sind Restriktionsenzyme (Molekülscheren), die auf einen einzelnen Ort im Genom einer Pflanzenzelle gerichtet werden können.

Diese Spezifität ermöglicht präzise Genom-Modifikationen. In der humanmedizinischen Forschung spricht man deswegen auch von Genomchirurgie mit Hilfe der Meganukleasen.

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