DNA-Metabarcoding wird eingesetzt, um gleichzeitig bis zu tausende Individuen bis auf Artebene gleichzeitig zu bestimmen. Dies geschieht durch die parallele Sequenzierung von kleinen standardisierten Genfragmenten (dem DNA-Barcoding-Fragment). Die erhaltenen DNA-Sequenzen werden durch bioinformatische Algorithmen sortiert und durch den Abgleich mit der Referenzdatenbank den verschiedenen Arten zugeordnet. Anders als bei der DNA-Barcodierung kann dies mit der gesamten Artengemeinschaft eines Habitats durchgeführt werden, um die Artenvielfalt nahezu vollständig zu erfassen. Daneben können auch semiquantitative Aussagen zur Häufigkeit von Arten auf der Untersuchungsfläche gemacht werden.

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