Ein Fachgebiet, das sich mit der Analyse von Stammbäumen auf Basis von Genomsequenzdaten beschäftigt. Durch Phylogenomik lässt sich oftmals die Funktion eines unbekannten Gens oder Genproduktes anhand ähnlicher Gene/Proteine mit bekannter Funktion vorhersagen. Auch lassen sich mit phylogenomischen Analysen Abstammungen und Verwandtschaftsbeziehungen von verschiedenen Spezies und von Gen- und Proteinfamilien innerhalb einer Art ableiten.

Die meisten Analysemethoden der Phylogenomik beruhen auf einer Zuordnung homologer Sequenzabschnitte (Sequenzalignment), die bei zunehmender Länge der zu vergleichenden DNA-Sequenzen jedoch an ihre Grenzen kommen. Später wurden eine Reihe weiterer Methoden ohne Alignment entwickelt.

Mit Hilfe der Phylogenomik konnte abgeleitet werden, dass zelluläre Lebensformen vor etwa 2,9 Milliarden Jahre entstanden sind.

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