„Orphan Genes“ sind Gene, die keine homologen Gene in anderen Abstammungslinien besitzen und somit artspezifisch auftreten. Sie weisen keine funktionellen Ähnlichkeiten zu anderen Arten auf und können bis zu 30% des Genoms eines Organismus ausmachen. Da Orphan Genes anders als homologe Gene nicht auf einen gemeinsamen Vorläufer zurückzuführen sind, werden sie auch „verwaiste“ Gene genannt. Hinzu kommt, dass Orphan Genes auch neu entstehen können, weshalb sie auch „de novo“ Gene bezeichnet werden. Sie entstehen durch Mutationen in einem bisher funktionslosen DNA-Abschnitt. So wie sie scheinbar aus dem Nichts entstehen, können sie auch wieder verloren gehen.

Forscher vermuten, dass Orphan Genes vor allem bei der kurzfristigen Anpassung eines Organismus an neue Gegebenheiten oder Anforderungen eine Rolle spielen. Bei Pflanzen können dies zum Beispiel sich verändernde Klima- oder Wetterbedingungen sein. Die Untersuchung der Orphan Genes ist mit gewissen Hindernissen verbunden, da sonst übliche Methoden der Aufklärung von Genfunktionen häufig versagen.

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