Antimikrobielle chemische Substanzen dienen der Pflanze zur Abwehr von Pathogenen. Sie werden von der Pflanze unmittelbar nach einer Infektion durch Mikroorganismen wie Pilzen oder Bakterien in den betroffenen Zellarealen produziert. Sie reduzieren die Infektiosität der Pathogene, indem sie deren Ausbreitung, Wachstum und Vermehrung hemmen, die Erreger töten oder inaktivieren. 

Zu den antimikrobiell wirkenden Substanzen gehört die Stoffgruppe der Phytoalexine. Diese Verbindungen gehören zu den sekundären Pflanzenstoffen und bestehen aus einer Vielzahl verschiedener Stoffklassen wie z.B. Flavonoiden, Terpenoiden, Alkaloiden, Stilbenoiden, Polyacetylenen, Isoflavonen etc.

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