Als Endophyten (von gr. endo = innen; phyton = Pflanze) werden Lebewesen, meist Pilze oder Bakterien bezeichnet, die im Inneren des Vegetationskörpers einer Pflanze leben.

Während manche Endosymbionten Krankheitssymptome hervorrufen, verursachen andere keine Schäden und können sogar in einem symbiotischen Verhältnis zu ihrer Wirtspflanze stehen, indem sie Substanzen produzieren, die den Wuchs der Pflanze fördern oder ihre Stresstoleranz erhöhen. 

Siehe auch: Parasitismus, Symbiose, Pathogen, biotroph, nekrotroph

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