Cisgene Ansätze bezeichnen die Neukombination von arteigenen Genen mittels gentechnologischer Methoden. Kreuzen diese Pflanzen aus, werden keine für die jeweilige Art „fremden“ Gene weitergegeben.

Eine cisgene Pflanze wird mit den gleichen Transformationstechnologien hergestellt, aber die DNA wird aus der entsprechenden Pflanzenart bzw. der gleichen Pflanze isoliert. Vor der Re-Integration in das Genom, können Gene oder bestimmte Teile der Erbsubstanz neu kombiniert werden. So kann beispielsweise eine Gensequenz für ein bestimmtes Enzym an ein anderes regulatorisches Element gekoppelt werden. Diese steuern die Aktivität von Genen in bestimmten Zellen, Geweben oder Organen zu einem bestimmten Zeitpunkt. Das Protein, das z.B. nur im Blatt gebildet wird, kann so auch in der Wurzel oder einer Knolle produziert werden.

Weiter gefasst kann auch der Transfer von Genen aus unterschiedlichen jedoch miteinander kreuzbaren Pflanzenarten (z.B. Roggen und Weizen) als cisgen bezeichnet werden. In diesem erweiterten Sinne ist die cisgen-Technologie artüberschreitend. Jedoch beschränkt man sich auf den Genpool von Pflanzen, die miteinander kreuzbar sind.

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